Möglichkeit 1:
Zunächst sollten Sie sicherstellen, dass alle Audio-Daten, die Sie zu einem Ereignis haben, synchron sind. Ggf. müssten Sie also mit einem Audio-Editor (Audacity o.Ä.) die Daten so schneiden (oder Stillen einfügen), dass Zeitpunkt X in Aufnahme 1 immer genau Zeitpunkt X in Aufnahmen 2,3... entspricht. Sie können dann einfach *alle* Audio-Dateien dem gleichen Transkript zuordnen (Transcription > Recordings... im Partitur-Editor). Über das Audio/Video-Panel können Sie dann beim Transkribieren bei Bedarf zwischen den Audios hin- und herschalten. 

Möglichkeit 2:
Herstellen einer Master-Version, die jeweils die am besten verständliche Version enthält. Ggf. können Sie auch zwei Audio-Dateien auf jeweils einen Kanal reduzieren und dann zu einer Stereo-Aufnahme mit zwei Kanälen zusammenmischen. Auch das geht mit Audacity.

Möglichkeit 3 (nicht empfohlen):
Möglichkeiten zum Zusammenfügen von Transkripten gibt es zwar auch (Transcription > Glue/Merge transcriptions). Erfahrungsgemäß ist das vom Arbeitsablauf her aber umständlicher als das Umschalten zwischen den Audios. Und auch dafür müssen alle Audio-Dateien synchron sein - sonst passen die zusammengefügten Transkripte nicht zueinander.